明代以后，邪教活动大爆发，邪教暴动更趋于频繁。明清两代邪教的主体思想是无生老母和弥勒佛，有的邪教分别信奉，有的邪教两个都信奉，把佛和道聚拢在一起，影响最大的是龙华会。龙华会的“宝卷”说：“老母在灵山八宝碧云宫中，分下九十六亿灵光，化生世界九十六亿人，是老母的九十六亿皇胎儿女。不料儿女们贪恋酒色财气不肯回头，沉落苦海。为娘的（无生老母）心急如焚，差下太上老君，化生三皇治世，初立青阳大会，度回二亿元灵归西，这是龙华初会。又待数千余年，又差释迦文佛化生犹太国中，转生皇太子，拜燃灯成其大道，初立红阳大道坐朝问道，后至印度国大开普度，度回二亿灵根，同登极乐。这是龙华第二会。今到三期末刼，祖母差下真武老祖，号为天真古佛，到中原化生贫寒之家，替弥勒治世，召开白阳大会，将九十二亿皇胎儿女全部度脱回天堂。此后老母不再派人来拯救世人，这是最后的机会。听来谁不是很耳熟？原来邪教都会这么说，我这个教是最后的机会，过了这个村就没有这个店，快来加入我的组织吧，快来练我的功吧，直到李洪志的“最后一着”，仍然在玩这个噱头。太上老君和释迦牟尼佛功夫差，效率慢，两世道与佛总共才度脱四亿人，地上还有九十二亿人在苦海中挣扎。但是不要紧，弥勒佛来了，至于谁是弥勒佛，这是很简单的事情了：谁说这话，谁就是弥勒佛。所以自北魏以来，有几百个弥勒佛出生在中国，纷纷加入度脱“九十二亿皇胎儿女”的行列。那么多的弥勒佛来过，为什么皇胎儿女还在这混乱的世界上煎熬着，到今天也还是九十二亿？可见那些“佛”都是假的，但是最后一个弥勒就是“我”，我肯定是真的。

除了弥勒信仰和无生老母信仰，还有民间巫术发育成的邪教，如闻香教和圆顿教。明末王森在滦州创立闻香教，几年间信徒遍布中国北方各省。教主王森编造说，他曾救一个狐狸，“妖狐感恩，断尾相赠”，咬下自己的一段尾巴送给王森作报偿。狐狸尾巴有啥好处，原来狐尾有异香，王森根据狐狸尾巴创造一宗邪教，叫做“闻香教”。王森在各省指派首领，为他收取供奉，王森及其家族很快成为当地豪强，王家深沟高垒，俨然地方王国。闻香教本以炼丹为主，敛财是为了更好地支持炼丹，那段狐尾就是丹药的点睛之物，神奇无比。但后来王森又热衷于政治，于是放弃炼丹，专门敛财。组织教民暴乱，被朝延定为邪教，严加缉捕。嘉庆十九年，闻香教的支派收元教教徒方荣升在安徽印制经卷，并大量印制匿名帖子，广泛散发给各级官员及平民，鼓吹“三教应劫”、世界末日，朝延严令查禁，方荣升及为首35人被凌迟或斩决。朝延穷治方荣升案，捕获王氏族人为首传教者，有7人被凌迟，其他斩监侯及流放为奴充军者无数，闻香教邪教体系在大陆基本被摧毁。王森死后，三子王好贤继承教权，王好贤继承了教权，也继承了教主的政治野心，他与山东徐鸿儒等教内传头筹划起事，以夺取天下当皇帝。徐鸿儒等组织暴乱，暴乱被平定，王好贤携带妻妾儿子南逃。在扬州被捕，被押赴北京，凌迟处死。

圆顿教是闻香教的一支，创立者姓张，人称“弓长老祖”。圆顿教它的特点就是宣扬“一步登天”。在清初已传布各地，成一大宗邪教，传至西北的一支，在当地民间各宗教中势力最强大也最活跃。教主王伏林早期借圆顿教诳骗钱财，并没有表现出多少邪恶的迹象，入教者不聚集，只各自修炼，其教民也以正在“行善事”自居，时刻准备着白日飞升，一步登天。乾隆四十三年，王伏林突然决定武装暴动，教民及被裹胁者2000多人追随。王伏林自称有法力，宣称其母及妹原是上天神仙，助他成功，他不怕刀枪，不惧水火，也是神出鬼没神仙下凡，还会点物成金，入教者不愁吃穿，都能暴富。王伏林依仗人多势众，决定先攻河州，再攻兰州。陕甘总督派军围剿，刚一接战，叛军即溃散，王伏林及母、妹均毙命于乱军中，教徒及参战者千余人被杀。

嘉庆六年，宝鸡、歧山一带圆顿教民又以“悄悄会”的名义聚众谋反，教主许诺事成后凡参与者皆可封为王公，或者当“飞天佛祖”，还是“一步登天”的老套路。官兵围剿，毙、俘及自杀者2500余人。嘉庆十年，教主石慈为了致富而传教，入教者出钱一二千或数十文不等，并借传经为名，行“滚丹”奸淫教内妇女。事发，石慈等一百余人被判处斩首、流放等各种刑罚。此后，圆顿邪教一直活跃在地下。民国年间圆顿教组织地痞流氓，成为汉奸别动队，还伙同一贯道等企图推翻共产党。近年来又仍然有圆顿教在活动，如许成江的圆顿法门。

圆顿教也鼓吹自己的教派是人间“最后一着”，也是除了这个村就没有这个店。它在陕甘一代多次作乱，影响巨大。圆顿教的影响不止于此，它在20世纪成功复活，道教的炼丹已被证明是虚妄，圆顿教接过道教的内丹术，借用佛教的名词“圆顿”，以“一步登天”为诱饵，聚拢群众，形成强大的邪教声势，这就是20世纪风行中国二十年的伪气功。圆顿教的内丹，被后来的邪教主说成是气功，但基本要领不变。圆顿教说内丹修炼有十个步骤，这跟气功的修炼程序一致，效果一致，到第八步，几乎就是凡人中的神仙，与白日飞升只有一步之遥，这就能理解那些伪气功的迷恋着为什么要拼力维护气功和他们的教主，眼看着就要白日飞升，政府突然插一杠子，这算这么一回事？也能理解为什么教育转化比较难。他们在圆顿教的迷幻状态中得到从来没有过的美妙感觉，实际这是他们的精神吸毒，这样的吸毒，戒除比毒品戒除还困难。有些邪教痴迷者在本教瓦解后，仍然痴心不改，想方设法找到另一宗邪教继续迷信痴信，就像吸毒者，海洛因没了，就吸食鸦片或冰毒。从这个意义上上，马克思说宗教是人民的鸦片烟，是很有道理的，至少在邪教痴迷者这里，这个结论很坚实。

在中国创立领导邪教，妇女也不甘落后。陈硕真是唐中期一个巫女，她不甘寂寞，准备造反干大事业。为了扩大影响，陈硕真自称马上要羽化登仙，还煞有介事地与自己的乡邻诀别。她准备隐居一段日子后再以“神仙”的面目出现。她的姻亲章叔胤到处宣传陈硕真已经成仙，从天界重回人间，现在法力无边，变化莫测，能够驱使鬼神。种种神迹证明，章叔胤所言不虚。当然，这些神迹都是陈硕真和她的同党的装神弄鬼。这番宣传非常有效，陈硕真周围很快就聚集起了一大批信徒。陈硕真和章叔胤兵分两路，攻占桐庐，睦州等县城。陈硕真的两千人马就攻陷睦州首府及所属诸县，睦州各地的百姓群起响应，教军很快发展到数万人。陈硕真乘胜进攻安徽，攻打歙州，声势浩大，于是陈硕真自称“文佳皇帝”，设置百官，严肃朝仪，俨然一代帝王。唐政府派大军镇压，陈硕真等人被俘，处斩。陈硕真是中国历史上第一个女皇帝，称帝比武则天还早。尽管她的皇帝梦只作了一个月。当代邪教参与者或痴信者女性远远多于男性，从陈硕真事件可以看出若干端倪，在邪教组织中，女性的号召力有时候可能大于男性。

陈硕真之后，女子兴妖造反的代有其人，王聪儿、唐赛儿、林黑儿，这些以妖术邪教举事的女子，都是陈硕真的“直系后裔”。